A lo largo de la serie, que se centra en este personaje, veremos cambios notorios en la actitud de Shinji. A medida que los personajes van relacionándose con él, Shinji se va mostrando más feliz y abierto, aunque el drama con su padre es motivo de decaimiento eterno. Su mayor ansia es sentirse amado por su padre, quien no muestra sentimiento alguno por el, y cuya relación con él es meramente profesional, ya que Gendo es el Director de NERV y, por lo tanto, su jefe. Además, ansía pedir explicaciones por la desaparición de su madre, con quien sueña, ansía conocer y, extrañamente, tiene cierto contacto en el Eva-01.

Shinji, aún con los cambios notorios en su actitud, mantiene su personalidad introvertida. Si algo lo caracteriza fielmente es su automarginación del mundo que lo rodea y el escape a los problemas. Le molesta tener que ser visto, hablado y criticado, ya que siente que es odiado por todos. Su razón de pilotear el Evangelion es simplemente para que la gente lo vea como un héroe y lo quiera, pero esto también hace que se sienta odiado por los demás e incluso por sí mismo, luego de ver las consecuencias de la destrucción de las batallas.

La reivindicación de Shinji consigo mismo ocurre ya en el final de la serie, dándose cuenta que si era capaz de odiarse a sí mismo, también podía amarse, y de esta forma también poder amar a los que lo rodean y al lugar en el que vive.